Na początku lat sześćdziesiątych w Sejnach funkcjonowała jedna szkoła podstawowa. Znajdowała się w starym przedwojennym budynku i nie była w stanie pomieścić stale wzrastającej liczby uczniów. Ponadto jej lokalizacja – na samym krańcu miasta – znacznie wydłużała wielu uczniom drogę do szkoły. Wraz z rozwojem miasta wzrastała też liczba dzieci miejskich. Na przełomie lat 1962/63 władze oświatowe rozpoczęły starania o utworzenie drugiej szkoły podstawowej.
Główną przeszkodą był brak lokalu na szkołę. Jednak w 1963 roku podjęto decyzję o utworzeniu Szkoły Podstawowej nr 2 w Sejnach. Starania organizacyjne i formalne trwały do 1 września 1966 roku. Wtedy to Szkoła Podstawowa nr 2 w Sejnach rozpoczęła swoją działalność. Umieszczono ją w budynku Liceum Ogólnokształcącego, w dawnych koszarach wojsk Korpusu Ochrony Pogranicza. Pierwszym dyrektorem szkoły został doświadczony nauczyciel z wieloletnim stażem Jan Wojtych i pełnił tę funkcję do 1970 roku. Zaś jego zastępcą był Zygmunt Moraczewski.
Pierwszego września 1966 roku naukę w szkole rozpoczęło 291 uczniów skupionych w 8 oddziałach (klasy I – VIII). W klasach I – III było 116, a w IV – VIII 178 uczniów. Klasy były bardzo liczne. W szkole pracowało 11 nauczycieli. W placówce rozpoczęło działalność osiem organizacji młodzieżowych. Były to Samorząd Szkolny, Liga Ochrony Przyrody, Polski Czerwony Krzyż, Związek Harcerstwa Polskiego, Szkolna Kasa Oszczędności, Szkolne Koło Turystyczno-Krajoznawcze, Towarzystwo Przyjaźni Polsko-Radzieckiej oraz Szkolne Koło Sportowe.
W 1969 roku podjęto decyzję o całkowitym oddzieleniu się Szkoły Podstawowej nr 2 od Liceum Ogólnokształcącego. I tak 1 września 1970 roku Szkołę Podstawową nr 2 przeniesiono do budynku Szkoły Podstawowej nr 1. Nowym kierownikiem został Ludwik Bykowski. Funkcję tę pełnił do 1981 roku. Zastępcą kierownika została Irena Zajkowska. Zmianie uległ też stopień organizacyjny szkoły. Zamiast jednego, utworzono dwa równoległe ciągi lekcyjne. Liczba oddziałów wzrosła z 8 do 16. W porównaniu do poprzedniego roku liczba uczniów wzrosła z 278 do 439. Mimo zasadniczych zmian organizacyjnych, baza lokalowa nie polepszyła się, a wręcz uległa pogorszeniu. W małym, ciasnym budynku funkcjonowanie dwóch szkół było bardzo trudne, po kilku tygodniach stało się wręcz niemożliwe.
Z tych powodów, po dwóch miesiącach, z dniem 1 listopada 1970 roku Szkoła Podstawowa nr 2 została przeniesiona do budynku klasztornego. Zajęcia dydaktyczne odbywały się w bardzo trudnych warunkach, pracowano na trzy zmiany. Dzieci nie miały stałych klas. 15 grudnia 1970 roku w klasztornym budynku szkoły odbyło się ostatnie posiedzenie Rady Pedagogicznej.
Przełomowym dniem był 4 stycznia 1971 roku, gdy Szkoła Podstawowa nr 2 w Sejnach została przeniesiona do nowego budynku przy ul. Wojska Polskiego 64. W uroczystości otwarcia wzięli udział licznie zgromadzeni goście: przedstawiciele władz oświatowych, państwowych i partyjnych oraz młodzież.
Otwarty obiekt szkolny był nowoczesny, posiadał 16 izb lekcyjnych, świetlicę, stołówkę szkolną, salę gimnastyczną, bibliotekę, kancelarię i przestronne korytarze. Szkoła pracowała na jedną zmianę. W roku szkolnym 1970/71 w Szkole Podstawowej nr 2 w Sejnach pracowało 16 nauczycieli. Wraz z rozwojem placówki przybywało uczniów i klas. W roku 1973 na bazie szkoły powstała Zbiorcza Szkoła Gminna, liczba oddziałów wzrosła do 19, w związku z utworzeniem klas dla dzieci dowożonych ze wsi. W roku szkolnym 1992/93 w placówce naukę pobierała największa liczba uczniów – w30 oddziałach uczyło się 892 dzieci.
W 1975 roku rozpoczęły się przygotowania do nadania szkole imienia. W styczniu 1976 roku przeprowadzono wśród uczniów plebiscyt, który wykazał, że największą popularnością cieszyła się postać mjr Henryka Dobrzańskiego „Hubala”. Popularność tej postaci zapewnił wyświetlany film pt: ”Hubal” oraz książki „Ostatni Szwadron” i „Oddział majora Hubala”.7 grudnia 1976 roku do Kuratorium Oświaty i Wychowania w Suwałkach złożono wniosek o nadanie imienia. 14 lutego 1977 roku Kuratorium Oświaty i Wychowania wyraziło zgodę na nadanie Szkole imienia mjr H. Dobrzańskiego – „Hubala”. 15 czerwca tego roku zwrócono się do Urzędu Wojewódzkiego w Suwałkach – do Wydziału Spraw Wewnętrznych – z prośbą o zarejestrowanie i zatwierdzenie projektu sztandaru Szkoły Podstawowej Nr 2 w Sejnach. Szybko otrzymano zgodę.
Awers sztandaru to tkanina w kolarze szafirowym symbolizującym suwerenność i autorytet. W centralnym punkcie płata umieszczono herb miasta Sejny. Na czerwonej tarczy herbowej przedstawiono głowę tura, zwróconą w prawą stronę heraldyczną. Herb miasta flankują liście laurowe wyszyte złotą nicią. Laur to symbol pierwszeństwa w szlachetnej rywalizacji. Nad herbem miasta umieszczona jest otwarta księga. Księga oznacza dociekanie prawdy, nauczyciela, wiedzę, mądrość, roztropność, historię, sprawiedliwość, 7 sztuk wyzwolonych, potęgę i cnotę. Otwarta księga oznacza wszystkie powyższe symbole w trakcie przemian i doskonalenia. Nad księgą, wyhaftowaną srebrnymi nićmi, umieszczono, wywodzący się jeszcze z czasów antycznych, płonący kaganek, symbol oświecenia i mądrości. Powyżej tych symboli na biało-czerwonej szarfie widnieje legenda: „Szkoła Podstawowa”. Poniżej herbu znajduje się dalsza część legendy: „im. mjr Henryka Dobrzańskiego-Hubala w Sejnach”.
Rewers – druga strona sztandaru barwiony na czerwono i biało z zamieszczonym w jej polu godłem herbowym – Orła Białego z głową zwróconą w prawo. Orzeł tkany jest srebrną nicią. Kolor ten symbolizuje dobro, czystość i dostojeństwo. Wizerunek Orła Białego dopełnia złota korona oznaczająca szlachetność i majestat. Tegoż samego koloru jest dziób i szpony. Rozpostarte skrzydła orła symbolizują dążenia do najwyższego lotu, do pokonywania przeszkód i trudności. Czerwień lewej strony sztandaru to symbol ofiarności i gotowości służenia Ojczyźnie, biel – symbol czystej, bezinteresownej miłości narodu do Ojczyzny.
8 października 1977 roku Szkoła Podstawowa Nr 2 w Sejnach otrzymała imię mjr Henryka Dobrzańskiego – „Hubala” i sztandar. Został on ufundowany głównie przez Komitet Rodzicielski i zakłady pracy, które pomagały szkole. Do tej akcji włączyła się młodzież szkolna.
W dniu, w którym nadano imię i wręczono sztandar, otwarto także Szkolną Izbę Pamięci Narodowej. Od chwili powstania szkoła uroczyście obchodziła różne rocznice i święta: Rocznicę wybuchu II wojny światowej, Dzień Wojska Polskiego, Dzień Nauczyciela, Rocznicę Rewolucji Październikowej, Dzień Górnika, Rocznicę Wyzwolenia Warszawy, 1 Maja, Dzień Zwycięstwa i inne. Stało się to tradycją szkoły. Większość z tych uroczystości przetrwała do schyłku lat osiemdziesiątych, ustępując później miejsca innym.
W latach osiemdziesiątych szkoła funkcjonowała na podstawie dwóch orzeczeń organizacyjnych. Do obwodu Szkoły należało 16 ulic z terenu miasta i 10 pobliskich wsi. Od 1 lipca 1993 roku na podstawie zarządzenia Kuratora Oświaty w Suwałkach ustalono nowy obwód szkoły.
26 kwietnia 1996 roku odbyły się obchody 25-lecia Szkoły Podstawowej im. mjr Henryka Dobrzańskiego – Hubala, połączone z odnowieniem – aktualizacją sztandaru szkoły, zniszczonego przez kradzież dokonaną przez 2 uczniów szkoły.
W 1999 roku w Polsce przeprowadzono reformę szkolnictwa, w wyniku której w Sejnach powstało gimnazjum i pozostała jedna szkoła podstawowa. Uchwałą Rady Miejskiej w Sejnach z dnia 28 lutego 1999roku 8 klasowa Szkoła Podstawowa Nr 2 w Sejnach została przekształcona w 6 klasową Szkołę Podstawową w Sejnach im. mjr Henryka Dobrzańskiego Hubala o strukturze organizacyjnej klas I – VI.
Burzliwy czas zmian i przełomu w polskiej oświacie skutkował dużymi zmianami w programach, sposobach nauczania, a zwłaszcza znacznym przeorganizowaniem kadry pedagogicznej. Trzy lata temu w roku szkolnym 2008/2009 w szkole powstał oddział specjalny, który w swoim zakresie wypełnił lukę edukacyjną dla całej gminy i miasta Sejny. Po ostatecznym wykrystalizowaniu się struktury organizacyjnej i administracyjnej w szkole istnieje 19 oddziałów, w których w chwili obecnej uczy się 425 uczniów, pracuje 39 nauczycieli. Mury naszej placówki opuściło 5 tysięcy absolwentów.
W pierwszej dekadzie XXI wieku w szkole realizowano kilka ważnych projektów, których celem był wszechstronny rozwój uczniów i przygotowanie ich do świadomego uczestnictwa w życiu szkoły, środowiska lokalnego oraz Ojczyzny. Były to między innymi następujące projekty i programy: Program – „Moja Sejneńszczyzna”, „Program Edukacji Regionalnej dla klas I – III Szkoły Podstawowej” realizowany w 2004r.
Celem projektów „Trzej Starcy ” i „Co pamięta Sejna” było odkrywanie wzajemnych relacji mieszkańców wielokulturowych Sejn i Sejneńszczyzny – Polaków, Litwinów, Żydów oraz Rosjan staroobrzędowców, Romów i Niemców. Poznawanie tego, co ich łączyło, a co dzieliło, Projekty realizowane były pod opieką Ośrodka „Pogranicze – sztuk, kultur, narodów” w Sejnach z udziałem wybitnych animatorów edukacji międzykulturowej.
Od 1 lipca 2005 r. do 31 grudnia 2005 r. realizowany był Projekt „Angielski łączy ludzi” Programu English Teaching finansowany przez Polsko – Amerykańską Fundację Wolności, której krajowym koordynatorem była Nidzicka Fundacja „NIDA”.
Projekty „Drzwi do jutra” oraz Niekończąca się opowieść” realizowane były pod kierunkiem Stowarzyszenia Oświatowo – Społecznego w Sejnach.
W marcu 2009 r. klasy I naszej szkoły przystąpiły do programu „Bezpieczna Energia RWE”. Celem programu jest przekazanie dzieciom wiedzy na temat zasad korzystania z elektryczności i wykształcenie w nich umiejętności bezpiecznego obchodzenia się z prądem.
Program „Radosny uśmiech – radosna przyszłość” przeznaczono dla klas II szkoły podstawowej. Jego celem jest zmniejszanie występowania próchnicy u dzieci poprzez wyrabianie nawyku codziennego szczotkowania zębów.
„Klub Bezpiecznego Puchatka” to program edukacyjny dla uczniów klas I, który uczy dzieci zasad bezpieczeństwa na drodze, w szkole, w domu i w czasie zabawy.
Cyklicznie w szkole odbywa się konkurs „Sejny – moje miasto”. Szczególną popularnością wśród uczniów cieszą się zawody i turnieje sportowe organizowane na różnych szczeblach, ale prawie zawsze z udziałem uczniów i nauczycieli ze Szkoły Podstawowej w Sejnach.
W szkole kultywowane są tradycje regionalne, świętowane uroczyście rocznice patriotyczne, odbywają się obchody ważnych świąt, w tym Święto Patrona Szkoły – Hubala.
Stary i nieco zniszczony budynek szkoły przechodził drobne remonty i niezbędne modernizacje, w tym: budowę szatni, 2 sal lekcyjnych w 1992 roku, remont sali gimnastycznej w 1996 roku, wymianę stolarki okiennej, drzwiowej, wymianę mebli szkolnych, pieców CO, modernizację instalacji elektrycznej, remont kapitalny kuchni szkolnej i sali gimnastycznej, a obecnie zakończyła się termomodernizacja i przebudowa dachów szkoły, która zmieniła dotychczasowy wizerunek szkoły, dostosowując jej wygląd do standardów XXI wieku.